1910년 자혜의원을 시작으로 1936년에 제주시 삼도1동154번지에 구본관을 준공하고, 1946년 제주도립병원으로 운영, 1979년 현대식 5층 병원(80병상)을 신축하여 1983년 지방공사 제주도제주의료원으로개칭 지방공사 체제로 전환 운영 1991년 3월 신관증축공사를 시작으로 1992년 4월 완공 160병상을 운영하고 같은해 7월에는200병상으로 증설하였다. 1991년~1999년까지 자립경영을 기반으로 전국33개 의료원 경영평가에서 최우수병원으로 선정. 2001년10월 삼도1동 제주의료원부지 및 장비 등을 교육부(제주대학교)에 매각하고 기존 제주의료원이 수행하던 급성기 병원 운영을 제주대병원이 담당함에 따라 제주특별자치도 제주의료원은 2002년 7월제주시 제주시 아라1동4-17번지(새주소 : 제주시 산천단남길10) 전문 노인병원으로 탈바꿈하면서 새로운 경영목표를 세우고 환자 중심의 전문 노인병원으로서 수준 높은 의료 서비스를 제공하여 독거노인을 비롯한 외국인 근로자 등 제주의 소외계층에 관심을 가지는 병원을 만들기 위해 설립되어 운영중이다.
